В Афганистане зафиксирован один из самых высоких уровней материнской смертности в мире; деятельность MSF  в этой стране направлена на повышение доступа к неотложной, педиатрической и акушерской медицинской помощи.

В октябре 2015 года удары авиации США уничтожили травматологический центр MSF в Кундузе, в результате авианалет погибли 42 человека, MSF начала переговоры со всеми сторонами конфликта по вопросу соблюдения нейтралитета в отношении медицинских учреждений.

В конце 2016 года MSF получила заверения о том, что ее сотрудники и пациенты не подвергнутся нападениям, а медицинская помощь будет оказываться всем людям, которые в ней нуждаются, независимо от этнической принадлежности, политической приверженности или гражданства.

Сложно обеспечить такие гарантии в зоне конфликта, но MSF надеется, что данные заверения позволят рассмотреть возможность возобновления работы травматологического центра в Кундузе в 2017 году.

В 2016 году конфликт в Афганистане продолжал усугубляться. В стране по-прежнему работают другие проекты MSF, так как число пациентов, которым требуется медицинская помощь, постоянно растет.

Четверть всех родов, которые приняла MSF в мире, приходится на Афганистан: в этом году благодаря сотрудникам организации на свет появились более 66 000 детей.

MSF начала работать в Афганистане в 1980 году.