В 2016 году MSF продолжила оказание помощи беженцам и жителям беднейших городских кварталов, а также решение таких проблем здравоохранения, как ВИЧ и отсутствие доступа к больничному обслуживанию. 

Существование лагеря беженцев Дадааб в северо-восточной части Кении, служившего приютом для беженцев в течение более 25 лет, в мае этого года оказалось под угрозой: правительство Кении объявило о его закрытии до конца года под предлогом обеспокоенности экономической ситуацией, проблемами безопасности и состоянием окружающей среды.

Если лагерь закроется, его жителям придется вернуться в охваченное войной Сомали.

MSF публично выступила против этого решения и в августе провела опрос в одном из пяти лагерей Дагахалее, по результатам которого оказалось, что 86% жителей лагеря не хотят возвращаться на родину. В ноябре 2016 года правительство объявило, что продлит срок работы лагеря до мая 2017 года.

В течение года MSF продолжала оказывать поддержку больнице вместимостью 100 коек и двум медицинским пунктам в Дагахалее. Команды провели 162 653 амбулаторные консультации и госпитализировали 9137 пациентов, включая 917 детей с тяжелым недоеданием. В родильном отделении больницы появилось на свет более 3000 детей.

В январе MSF запустила проект по охране полового и репродуктивного здоровья на базе медицинского учреждения Мрима в городе Момбаса.

В этом районе, совместно с Департаментом здравоохранения округа Момбаса, MSF борется с высокой смертностью матерей и новорожденных. В 2016 году MSF приняла роды у 1473 рожениц и провела послеродовые консультации для 2000 женщин.

Кроме этого, команды продолжали бороться со вспышкой холеры, которая разразилась в декабре 2014 года. К концу 2016 года по всей стране было зарегистрировано 16 511 случаев холеры.

MSF помогла властям 16 округов в создании центров лечения холеры, обучении персонала, поставках медикаментов и медицинских товаров, а также проведении кампаний по санитарному просвещению и улучшению инфраструктуры водоснабжения и водоотведения. Лечение холеры получили в общей сложности 4712 пациентов.

В городе Мандера вспышка холеры совпала по времени с эпидемией чикунгуньи, заболевания, передаваемого комарами, что усилило нагрузку на систему здравоохранения. Команды MSF оказали лечение около 1150 пациентам и раздали 2800 антимоскитных сеток.

MSF начала работать в Кении в 1987 году.